Ticaret Bakanlığı Risk Yönetimi ve Kontrol Genel Müdürlüğü’nün vergi affı kapsamındaki borçlar ile ilgili açıklama yazısı ile İnceleme ve Tarhiyat safhasındaki gümrük alacakları af kanunu dışında tutulmuştu. Son yapılan açıklamaya göre; müdürlük ihtilafı ortadan kaldıran yeni düzenlemeyi sektör ile paylaştı.Tüm vergi borçlarının yeniden yapılandırılması ile ilgili Maliye Bakanı Naci Ağbal’ın 6376 sayılı yasayı açıklamasından sonra ilgili müdürlükler af kapsamı ile ilgili açıklama yazılarını sektörlerine açıklamaya başladılar. Gümrük ve Ticaret Bakanlığı Risk Yönetimi ve Kontrol Genel Müdürlüğü’nün açıklamış olduğu yazı ile af yasasının ihtilaf doğurması sektörde tepkiye neden olmuştu. Müdürlük yeni bir açıklama yazısı yayınlayarak af kapsamı dışına aldığı borçları tekrar af kapsamına dahil etmiştir.TEBLİĞDEN 30 GÜN SONRA BAŞVURUKonuyla ilgili açıklama yapan Afacan Gümrük Müşavirliği Genel Müdürü Cavit Afacan, "  Risk Yönetimi ve Kontrol Genel Müdürlüğü 2016/61 sayılı Genelge bir genelge yayınladı. İnceleme ve tarhiyat safhasındaki gümrük alacakları da Kanun’a uygun olarak kapsama alındı. Özetle gümrükle 6736 sayılı Kanun’un kapsamına giren bir ihtilafınız var ama ceza size Kanun’un başvuru süresi içinde değil daha sonra tebliğ ediliyor; bu cezalar da af kapsamına giriyor. Tebliğ tarihinden sonra 30 gün içinde ilgili gümrük müdürlüğüne başvurarak 6736 sayılı Kanun’un getirdiği haklardan yararlanabiliyorsunuz" dedi.